原位杂交技术应用于染色体、细胞和组织切片等样品中进行核酸特异性检测，与免疫组化技术的结合应用，能将DNA、mRNA和蛋白水平上的基因活性与样品的显微拓扑信息结合起来。1969年Pardue和Gall将放射性标记的探针直接应用于纯化核酸的杂交，此后得益于分子克隆技术的发展，及不同探针标记系统和检测系统的应用，大大增加了原位杂交检测的应用灵活性和检测灵敏度。

多种探针标记检测系统
基于异羟基洋地黄毒苷、生物素和荧光标记分子的标记和检测系统是常见的原位杂交检测方法。
荧光标记检测常为直接探针标记方法，如在dUTP/UTP/ddUTP上连接Fluorescein后进行核酸标记。由于标记在核酸上的荧光分子必须经受杂交和洗脱过程中的考验，以及荧光分子易于衰减，其检测灵敏度受到一定的影响。但对荧光分子的直接检测呈现的背景较低。

间接标记的方法中应用了报告分子标记的探针，报告分子通过亲和酶促的方法进行显色。常用的报告分子如异羟基洋地黄毒苷，生物素。结合异羟基洋地黄毒苷抗体或链霉亲和素上耦联的酶系统进行间接的底物反应检测。异羟基洋地黄毒苷标记核酸的历史可追溯到1987年，由于异羟基洋地黄毒苷是洋地黄的花和叶中特有的成分，检测时使用的异羟基洋地黄毒苷抗体不会结合于其他的生物分子。这是相较于生物素标记系统的优势。异羟基洋地黄毒苷抗体上可耦联碱性磷酸酶、过氧化酶，及荧光分子和胶体金等，根据不同的应用需求，呈现高信噪比的核酸检测结果。但需注意，由于引入了免疫检测反应，在放大检测灵敏度的同时，应注意样品内源性酶的灭活，以降低检测背景。

通过不同标记方法的联合应用，还可在同一样本中实现染色体不同区域或细胞样本中不同RNA序列的多重检测。

原位杂交检测步骤：

1. 玻片的准备和样品固定

2. 细胞或组织的预渗透处理

3. 靶DNA变性（DNA原位杂交）

4. 探针制备

5. 原位杂交过程

6. 杂交后洗涤

7. 探针（显色）检测

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